בהתבסס על מבנה הפיתוח וההדמיה שלהם, ניתן לחלק אותם לשלוש קטגוריות: אנדוסקופים עם צינור קשיח, אנדוסקופים סיבים אופטיים (גמישים) ואנדוסקופים אלקטרוניים.
1. אנדוסקופים למערכת העיכול: וושט צינור קשיח; ושט סיבים אופטיים; אסופגוסקופים אלקטרוניים; וסטרוסקופים אלקטרוניים על קוליים, גסטרוסקופים סיבים אופטיים, גסטרוסקופים אלקטרוניים, גסטרוסקופים אלקטרוניים על קוליים, דואודנוסקופים סיבים אופטיים, דואודנוסקופים אלקטרוניים, אנטרוסקופים סיבים אופטיים, אנטרוסקופים אלקטרוניים, קולונוסקופים סיבים אופטיים, קולונוסקופים אלקטרוניים, סיגמואידוסקופים סיבים אופטיים ורקטוסקופים.
2. אנדוסקופים למערכת הנשימה: לרינגוסקופים עם צינורות קשיחים, לרינגוסקופים סיבים אופטיים, לרינגוסקופים אלקטרוניים, ברונכוסקופים סיבים אופטיים, ברונכוסקופים אלקטרוניים, תורקוסקופים ומדיסטינוסקופים.
3. אנדוסקופים לחלל הצפק: צינור קשיח, לפרוסקופים כירורגיים, סיבים אופטיים ולפרוסקופים אלקטרוניים.
4. אנדוסקופים לדרכי המרה: כולדוכוסקופים עם צינורות קשיחים, כולדוקוסקופים סיבים אופטיים, כולדוקוסקופים אלקטרוניים וכולדוקוסקופים לאם-ו-ילדים.
5. אנדוסקופים למערכת השתן: (1) ציסטוסקופים: ניתן לחלקם לציסטוסקופים לבדיקה, ציסטוסקופים לצנתור השופכה, ציסטוסקופים כירורגיים, ציסטוסקופים הוראה, ציסטוסקופים צילומיים, ציסטוסקופים לילדים וציסטוסקופים לנשים. (2) אורטרוסקופים. (3) נפרוסקופים.
6. אנדוסקופים לגינקולוגיה: קולפוסקופים והיסטרוסקופים.
7. אנדוסקופים לכלי דם: אנדוסקופים כלי דם.
8. אנדוסקופים למפרקים: ארתרוסקופים. אנדוסקופיה סיבים אופטיים
מערכת אנדוסקופית סיבים אופטיים מורכבת משני חלקים: גוף האנדוסקופ ומקור אור קר. בתוך גוף האנדוסקופ יש שני צרורות סיבים אופטיים: האחד הנקרא קרן, המעבירה את האור שנוצר ממקור האור הקר אל פני העצם הנצפה, ומאירה אותו; השני נקרא צרור התמונה, שהוא צרור של עשרות אלפי סיבים אופטיים בקוטר של פחות ממיקרומטר אחד המסודרים בשורות. קצה אחד מיושר עם העינית, והקצה השני עובר דרך עדשת המטרה ומיושר עם פני האובייקט הנצפה. רופאים יכולים לדמיין ישירות את פני האיברים דרך העינית, מה שמקל על אבחון בזמן ומדויק. כך למשל, בעזרת אנדוסקופ, הרופאים יכולים לצפות בכיבים או גידולים בקיבה ולגבש את תוכנית הטיפול הטובה ביותר בהתאם.
צרורות הסיבים האופטיים המעבירים את התמונה מהווים את הליבה של אנדוסקופ הסיבים האופטיים. הוא מורכב מעשרות אלפי סיבי זכוכית עדינים במיוחד. על פי העיקרון של השתקפות פנימית מוחלטת באופטיקה, כל סיבי הזכוכית חייבים להיות מצופים בסרט -שבירה- נמוך כדי להבטיח שכל האור המועבר על ידי סיבי הליבה יעבור השתקפות פנימית מוחלטת. סיב בודד מעביר רק נקודת אור אחת. כדי לדמיין תמונה, יש לאגד מספר רב של סיבים. כדי להעביר את אותה תמונה לקצה השני, כל סיב חייב להיות ממוקם באופן זהה בשני הקצוות; זה נקרא חבילת מדריך תמונה. לאנדוסקופים סיבים אופטיים יש בדרך כלל שני צינורות סיבי זכוכית. אור חודר לגוף דרך צינור אחד, בעוד הרופא מתבונן דרך הצינור השני או באמצעות מצלמה. בשנת 1981 פותחה בהצלחה טכנולוגיית אולטרסאונד אנדוסקופית. פיתוח חדש זה, המשלב טכנולוגיית אולטרסאונד מתקדמת עם אנדוסקופיה, הגביר מאוד את הדיוק של אבחון הנגע. חלק מהניתוחים יכולים להתבצע באמצעות אנדוסקופים ולייזרים. הסיבים האופטיים של האנדוסקופ יכולים לספק קרן לייזר כדי לשרוף גידולים או גידולים ולאטום כלי דם מדממים.
אנדוסקופים אלקטרוניים הופיעו בשנות ה-80 עם התפתחות האלקטרוניקה וטכנולוגיית הווידאו הדיגיטלית. זה החליף את העברת התמונה בסיבים אופטיים במערכות הדמיה משולבות רגישות לאור, וכתוצאה מכך איכות תמונה מעולה, בהירות גבוהה יותר ותמונות גדולות יותר, המאפשרות זיהוי של נגעים עדינים עוד יותר. יתר על כן, לאנדוסקופים אלקטרוניים יש קוטר חיצוני קטן יותר, המספקים תמונות ברורות ואינטואיטיביות יותר, וקלים יותר לתפעול. אנדוסקופים מסוימים אפילו משלבים חיישני מעגלים משולבים- מיקרו להזנת המידע הנצפה בחזרה למחשב. הם יכולים לקבל מידע אבחוני על המורפולוגיה של רקמות ואיברים, וגם למדוד תפקודים פיזיולוגיים שונים. המבנה של אנדוסקופים אלקטרוניים זהה בעצם לזה של אנדוסקופים סיבים אופטיים; במילים פשוטות, CCD מחליף את צרור מדריכי התמונה, ומציע פונקציות רבות שאנדוסקופים סיבים אופטיים אינם יכולים להשיג. ההבדל הגדול ביותר בין אנדוסקופים אלקטרוניים לסיבים אופטיים הוא השימוש במכשיר CCD, המכונה חיישן תמונה מיניאטורי, במקום צרור המדריך לתמונות בסיבים אופטיים.